学校的前身是1906年清政府创立于南京的暨南学堂，后迁至上海，1927年更名为国立暨南大学，抗日战争期间，迁址福建建阳，1946年迁回上海，1949年8月合并于复旦、交通等大学，1958年在广州重建。1983年中共中央颁布文件《关于进一步办好暨南大学和华侨大学的意见》，将暨南大学列为“国家重点建设大学”。1996年成为国家首批“211工程”重点建设大学。
南京时期（1906——1923）
暨南大学的前身是创办于1906年的国内第一所华侨学府——暨南学堂。19世纪末20世纪初时，海外华侨的人数已达700万之多。这些身在海外的华人饱受殖民统治者的歧视与压迫，甚至连受教育的权利也被剥夺了，于是华侨归国学习的要求日益强烈。起先清政府认为“人民出洋，已非我民，我亦不管”，将华侨视为“化外之民”。后来迫于内外交困，清政府不得不改变其侨务政策，并开始关心华侨教育。暨南学堂正是在这样的背景下成立的。
上海时期（1923——1941）
暨南学堂停办以后，海外华侨和国内教育界人士都强烈要求恢复暨南学堂，却遭到袁世凯的百般阻挠，直到1917年11月，北洋政府教育部才批准恢复暨南学堂。在黄炎培的主持下，暨南学堂于1918年在原校址复学，并改名为国立暨南学校。当时学校设有中学部和师范科（中专性质），已由补习学校的性质过渡成正式培养归侨子弟的学校了。1919年，中学部（旧部四年毕业）在三年级以上分为文科和理科。1921年夏，增设商科大学——又称国立暨南商科大学，后迁至上海，与当时的国立东南大学合办上海商科大学。1922年，在南京增设女子中学部，同时原与东南大学合办的上海商科大学开始在真茹独立办校。1924年，商科大学三、四年级停办，南京部分全部迁到上海真茹。学校人数升至500余人，学科类别也由五系增至八系。1927年，南京国民政府成立，上海真茹的国立暨南学校改组为国立暨南大学。
建阳时期（1941——1946）
1941年，鉴于时局日益艰险，学校未雨绸缪，着手为内迁做准备，在福建建阳童游镇设立分校。太平洋战争爆发后，暨大师生从上海出发，经长途跋涉，于1942年6月抵达建阳，遂将分校改为校本部。抗日战争结束后又回到了上海一段时间。
广州重建时期（1958——1970）
此时的暨南大学虽然仍力图继续按照侨校的特点进行办学，无奈在几经战乱之后，侨生生源锐减，因此暨南大学不得不再次停办。随后，暨南大学的院系分别合并于复旦大学、交通大学、南京大学、浙江大学等高等学府，当时仍愿意归国学习的部分侨生被安置于燕京大学（后属北京大学）。