第一阶段（1923年—1930年）：原名为私立东陆大学，1922年12月8日，宣布成立；
1923年4月20日，正式开学 ，设有预科、本科、附中。
第二阶段（1930 年—1934年）：1930 年，改为省立东陆大学；1932 年，云南省立师范学院并入，设有文学院（政治经济、法律系），工学院（土木、矿冶系），教育学院。
第三阶段（1934年—1938年）：1934年9月，改称省立云南大学。1937年，熊庆来受聘出任云南大学校长 ，设有 文理学院（文学院+ 教育学院），理工学院（工学院+ 理科学系）和医学专修科。
第四阶段（1938年—1949年）：1938年，改为国立云南大学。1946年，被英国《简明不列颠百科全书》列为中国15所著名大学之一 。设有 5 个学院，18 个系，3 个专修科，3 个研究室。
第五阶段（1950年—1958年）：1951—1958年，全国院系调整。1954年8月理工学院独立为昆明工学院；1956年8月医学院独立为昆明医学院；1958年8月农学院独立为昆明农林学院（今云南农业大学和西南林学院前身）； 航空：并入四川大学、北京航空学院；法律、政治：并入西南政法学院；土木建筑：并入中南土木工程建筑学院、重庆土木工程建筑学院；铁道管理：并入北京铁道学院、长沙铁道学院。
第六阶段（1958年—至今）：1958年8月划归云南省政府管辖1978年，被教育部列为全国88所重点大学之一。1997年11月，正式成为国家“ 211 ” 工程首批建设的61 所大学之一。2004年成为省部共建高校 。 1958年院系调整后，仅设文理两科，共6个系。至2005年12月，设有20个学院，8个研究院，1个公共教学部，1个留学生院，1个国家示范性软件学院，1个国家重点实验室培育基地，4个国家级人才培养基地，1个国家级人文社会科学重点研究基地。[