1906年四川通省农业学堂在成都厚载门内宝川局右侧旧仓库内成立，这是四川成立的第一所农业学堂，也是四川农业大学的历史源头。学堂于1906年6月1日先行开学，9月12日正式举行开学典礼。学堂分设农业、蚕业、林业的预科和本科。1910年4月学堂迁往成都东门外望江楼附近的农业试验场修建新校舍。

1912年辛亥革命后，经四川省军政府批准改名为四川高等农业学校，设大专部和中专部。

1914年改名为四川公立农业专门学校，增设农本科、蚕本科。

1927年8月，四川公立农业专门学校与公立法政专门学校、公立工业专门学校、公立外国语专门学校、公立国学专门学校等五所专门学校合并组成公立四川大学，公立农专成为公立四川大学农科学院。

1931年四川省政府决定，将原公立四川大学的工科、农科改办独立学院，农科学院定名为四川省立农学院。

1935年7月四川省立农学院和重庆大学农学院并入国立四川大学，组建农学院。此后学院有较大发展。

1952年全国高等学校院系调整，在部分系调出的同时，先后将西南农学院、云南大学农学院、川北大学和西昌技艺专科学校的农艺、林业、畜牧、兽医专业调入四川大学农学院，为学院发展进一步奠定了基础。

1956年经国务院批准，四川大学农学院从成都迁往雅安独立建校，命名为四川农学院。1956年9月5日四川农学院在雅安举行成立大会，在校学生1134 人，教职工515人，其中专任教师205人。

1959年开始招收水稻栽培、兽医产科、玉米育种、家畜饲养和家禽育种专业三年制硕士研究生。后因“文革”中断，至1978年恢复。

1985年经四川省人民政府批准，学校更名为四川农业大学。同年开始招收博士研究生。时任中共中央总书记的胡耀邦同志亲笔题写校名。

1991年批准设立博士后科研流动站。

1996年和1998年四川农业大学先后通过国家“211工程”建设部门预审和立项审核，学校正式跨入国家重点建设的高校行列。

2001年进入新世纪，学校抓住高等教育大发展的机遇，在雅安建设了学校新校区，学校进入快速发展时期。

2001年4月原四川省林业学校整体并入四川农业大学，成为四川农业大学都江堰校区。

2005年学校在成都温江区开始建设研究生院和科学研究院。至此，学校已有雅安、都江堰和温江三个校区。

2010年10月08日，四川农业大学成都校区正式启用并举行了开学典礼。至此，四川农业大学“一校三区”办学格局形成。