建国前

1921年陈嘉庚先生创办厦门大学。1921年04月06日厦门大学开学典礼，美国著名哲学家、教育学家杜威博士及其夫人应邀出席并发表演说。
1923年，厦门大学便开始聘请俄籍著名人类学家史禄国、美国著名生物学家赖特等一批国际知名学者来校任教。1924年06月，厦大三百余位教师和学生闹学潮离校到了上海，当时刚卸任的原国民政府交通部长王伯群与前厦门大学教授王毓祥等人共同成立了“大厦大学筹备处”。“大厦”即“厦大”之位置对调，既表示是经由厦大嬗变而来的，又寓“光大华夏”之意，定名“大夏大学”，解放后经院校合并，发展为后来的华东师范大学。
1924年，《厦门大学组织大纲》进一步明确学校办学的三大任务是：“研究高深学术，养成专门人才，阐扬世界文化”。厦大建校之后，很快形成文、理、教育、商、工、法六科，下设国文、教育、土木工程、机械工程、经济学等十九系。
1926年学校开始研究生教育。1926年04月03日，中华教育改进社来函，邀请厦大代表中国参加6月美国费城世博会。挑选标准是：选取各省区各学校出品之较为优美者，“盖为发扬国光起见”。在1926年费城世博会上，厦门大学与北京大学、北京师范大学、国立东南大学（49年更名南京大学）、清华学校等当时国内最著名的大学一起，代表中国高等教育参展，并一起获得世博会最高荣誉奖章（甲等大奖）。
1940年08月至1941年，国民政府教育部举行首届和第二届全国大学生学业竞试，厦门大学均名列第一，蝉联冠军。国民政府教育部全国通令嘉奖，厦大由此被誉为“南方之强”。
1944年春，英国纽卡斯尔大学教授雷立克，美国地质地理学家葛德石，英国皇家学会会员、剑桥大学生物化学教授李约瑟博士等先后来校考察和学术访问，称赞“厦门大学为加尔各答以东最好的大学”。当时的国民政府教育部称之为“东南最高学府”、“国内最完备大学之一”。 大夏大学建校27年，培养学生近20,000名，毕业生6,000余人。 20世纪40年代末，大夏大学部分教员及学生南下香港，在香港复校，定名光夏书院。1956年06月，光夏、平正、华侨、广侨及文化五所书院合并成立“联合书院”，定址香港坚道147号。1963年，联合书院加盟香港中文大学。
1937年12月至1945年07月，厦大内迁福建省西部的长汀办学，办学条件艰苦，但成就巨大。学校延聘许多优秀学者，在校生达到了1044人,学系从9个发展到15个。私立厦门大学于1937年07月01日正式被南京国民政府接管，改名为国立厦门大学。07月06日，教育部任命清华教授萨本栋博士为厦大校长。抗日战争全面爆发后，厦大生物大楼被摧毁，于是迁校的计划被提上议程。09月04日，厦大借闽西职业学校在临时办公处继续办公，并在鼓浪屿借得英华中学和毓德女校的部分校舍，但鼓浪屿还是处于战火严重威胁下，所以萨校长多方考虑，与省主席陈仪商定将厦大迁往长汀。萨校长委派教务长兼文学院院长、语言学家周辨明博士去福建内地选址。周博士的父亲周之德牧师（福建惠安人）自1892年始即在长汀传播基督教，遂选定长汀为厦大内迁的校址。省政府拨给的迁校经费只有5000元。 厦门大学于1937年12月20日停课，准备迁移。全校师生从24日起分批出发，至1938年1月12日人员安全抵达。校本部和大礼堂设在县城的文庙。[4]
1938年迁汀后，共计学生239名，教职员83人，其中教授18人，副教授4人，讲师8人 ，助教14人。当时厦大规模甚小，是国立大学中得到中央政府迁校经费最少的，但萨校长实行质重于量的办学方针，取得了优异的办学成绩。到1940年，学校发展为4学院13系，学生发展到600余人。1941年厦大51名教授中，有47名来自清华大学。在1943年联合国论文竞赛中，也获得第一名。厦大刚来到长汀的时候，学校只有3院8系，分别是文学院、商学院、理学院，学生为284名，教师83名。到1944年，全校发展为4学院15系，在校学生已有800余人。1945年抗战胜利时，全校发展为4院15系，教授、副教授94人，学生达到1044人。内迁长汀这段历史，使厦大赢得了“南方之强”的声誉。
1945年，按照教育复员计划，战后全国应有国立大学二十九所，对于少数国立大学，要求最高理想之达成。其中第一类国立大学共十所，分别是：东区：中央大学（49年更名南京大学)，交通大学，同济大学，浙江大学；南区：国立中山大学（中山大学），厦门大学；北区：北京大学，清华大学；西区：重庆大学；中区：武汉大学。
建国后

1952年学校成为文理综合性大学。厦门大学在1951-1959年的全国院系调整中损失极为巨大，1952年全国院系大调整，厦门大学与原中央大学、浙江大学、武汉大学和国立中山大学并称为中国高校的“五大母校”。
1951年05月，厦大、西北工学院、北洋大学三校的航空系并入清华大学，设立清华大学航空学院。厦大海洋系师生转入山东大学组建山东大学海洋系；厦大的电机、土木、机械三个系各一部分并入浙江大学；厦大工学院的机械和电机、热工系三系参与组建南京工学院，即东 南 大学；厦大水利专业参与组建华东水利学院，即河海大学；厦大俄语专业合并入南京大学外文系，俄语专业学生同时转入；厦大土木系、建筑系先后并入同济大学。1953年厦大企业管理系被调整到上海财经学院，即上海财经大学。1953年厦门大学的法律系并入华东政法学院，现更名为华东政法大学。1957年，北京大学、南京大学、山东大学、厦门大学、中山大学国内十余所高校共同创建内蒙古大学。大连海运学院由东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并而成，而福建航海专科学校即为从厦大分出的航务专科。
1952年全国院系调整后，使得福建省理工科人才奇缺，所以当时福建省委书记叶飞就决定，保护仅存的厦大理工科师资，就决定建立福州大学。将厦门大学的大部分理科全都转到福州大学。叶飞一面指挥战斗，一面组织筹建大学，还多次亲赴数家大学的一些名教授家，请他们来福大工作，著名科学家卢嘉锡就是在他的力邀下，担任了福大副校长。
1958年，当时福建省省委、省政府决定创办福州大学。张孤梅同志为福州大学第一任党委书记。当时在厦门大学工作，后曾经担任全国人大常委会副委员长,中国科学院院士卢嘉锡教授，受命来到福州大学，担任福州大学副校长，在创建福州大学的同时，亲手创办了福州大学化学化工系。后来，为了支持福州大学的发展，卢嘉锡带领厦门大学的全国院系调整后剩下的理科中的再一半迁往福大。
1960年，为筹办福州大学与物质结构研究所，卢嘉锡院士赴福州任职，化学一所和化学系一大批教师随之迁往福州；1960年，从厦门大学物理系调出林星等数十名教师组建福州大学物理系。厦门大学的整个电子物理专业及其电子管试制车间也同时转入福州大学物理系。数学系的计算数学、应用数学、概率论与数理统计（相当于厦大数学系的3/4）转入福州大学。也就是说，为了创立福州大学，厦大分出了全国院系被调整后剩下的理科的再一半。1963年，厦门大学被确定为国家重点大学。1972年，厦门大学水产相关系调出成为厦门水产学院，1979年调往上海，后发展为上海海洋大学。
1986年，厦门大学试办研究生院。1995年，厦门大学列入国家“211工程”重点建设高校。1996年，教育部首批批准厦大建立研究生院。2001年，厦门大学列入国家“985工程”重点建设高校。2005年底，厦门大学本科教学工作水平以“优秀”的成绩通过教育部评估。2012年，学校成立厦门大学马来西亚分校，分校位于马来西亚首都吉隆坡，占地900亩，总建筑面积30万平方米。